A természettudományi képzés során a tudományterület számos alterületét felfedezhetik a diákok annak érdekében, hogy a későbbiekben tudományos megfigyeléseket végezhessenek, és minél jobban megismerjék a saját környezetüket. A természettudományos szakok között találjuk a csillagászatot, a biológiát, a fizikát, az ökológiát és a kémiát.

Számos magánegyetemek megtalálható az egész Guatemalában. Ennek ellenére még mindig van néhány, a legalacsonyabb írástudás szintjét mind Közép-Amerikában. Azok, akik tanulni ebben az országban is kell fizetni a magasabb tandíjat miatt a privatizált iskolarendszerben.

A mestert a hallgatók a graduális képzés befejezése után szerezhetik meg. A mesterdiploma feltétele 12-18 egyetemi kurzus sikeres abszolválása, melynek gyakran részét képezi több átfogó vizsga és/vagy egy szakdolgozat elkészítése.